《叛逆者》林楠笙喜欢朱怡贞。这部电视剧主要反映的是时代的变迁和复杂的斗争环境，所以剧中的感情线是比较模糊的。几位主角之间虽然有感情线，但是都处于隐忍不发的状态。男主林楠笙也有自己的感情线，他喜欢的是女主角朱怡贞。两人是彼此的初恋，也是彼此的挚爱。
朱怡贞在学习英文的时候遇到了林楠笙，因为林楠笙是朱怡贞的英文助教，所以两人在日益相处中逐渐产生了感情。两人同时都具备先进的思想理念，因此在这个动荡的年代中，是最先拥有叛逆思想的人。早在校园时代的时候，朱怡贞和林楠笙就产生了叛逆思想。
最初的叛逆是从两人的师生恋开始，在那个还相对封闭传统的年代中，这样的恋情是属于离经叛道、不被人祝福的恋情。师生恋情被世俗所不容，也更被还被传统思想和教育观念所左右的学校所不容，林楠笙就是在这样所有的不容之下离开了学校。
朱怡贞虽然在离开学校之后加入了组织，并且当上了情报人员。此时的爱情与信仰，对朱怡贞来说是最重要的两件事。但是如果在两者之间选择其一的话，朱怡贞还是宁可克制对林楠笙的爱情，也不愿辜负组织对她的信任。所以这样的想法也导致朱怡贞和林楠笙的爱情之路，充满着风雨和波折。