柚木普是自杀死的。《地缚少年花子君》柚木司有病娇属性，柚木普终于忍不住了，一不小心拿菜刀把柚木司杀死了，柚木普也很后悔，每次柚木司提到杀他的时候柚木普总会哭，最后柚木普因为自责而自杀死了。
柚木普和柚木司是一对双生子，柚木普是哥哥而柚木司是弟弟。可能是因为父母双亡，所以柚木普担负起照顾柚木司的责任，虽不被疼爱但也不怨恨弟弟。
而柚木司可能是因为被父母的死影响到以及父母生前的溺爱所以对哥哥的不满和误会变成了这样一个有点病态的性格。而柚木普则是被父母临终前嘱托对弟弟有责任感，所以包容忍耐着柚木司。
而剧情中柚木司也说过，他喜欢看别人露出失去理性的表情，据此可以猜测在柚木普照顾柚木司以后，柚木司曾经折磨过柚木普和别人，但是柚木普仍然护着他，忍耐和同情着他，为此和别人打架放弃功课。但到某一天，柚木普终于忍无可忍，于是他把自己的梦想—月之石送给了老师，用菜刀杀掉了自己的弟弟柚木司。
杀了至亲后的他内心非常矛盾，既有对亲生弟弟的愧疚无奈并且深深的同情和自责，但是又有卸下重负的轻松和摆脱痛苦的高兴，这绝对是一个还穿着制服的孩子所不能承受的，于是在如此巨大的压力下选择柚木普自杀。而这所学校封印了他和弟弟所有的痛苦和美好，所以当柚木普变成了灵魂后，就只能呆在学校里。