《守卫者浮出水面》申处长是内奸。剧中有一些细节的展现，都反映了申处长就是其中的内奸。本来进过房间的不止申处长一个人，而是有五位嫌疑者。但是除了申处长其他四人都没有动过这个U盘。申处长在进入办公室之后就短暂的停留了一段时间，这段时间已经足够上申处长有机会更换U盘了。
从作案时间和作案动机上来看，申处长就是其中的内鬼。当年他的父亲是在一次爆炸事件中殉职，而他们办公的地方就是当年锅炉爆炸的地方。申处长发现了一些案件的重要线索，他认为当年父亲之死并不是意外死亡，父亲的殉职是另有别的隐情。这种思想导致申处长有了报复之心，所以才心理扭曲将U盘调换。
这部电视剧讲述了国安工作人员在国家机密被泄露之时，抛弃个人情感、牺牲个人利益，为国家安全与敌人战斗的故事。301研究所本来是一个非常机密的单位，主要是研发新型深潜器。却在实验的过程中不断的遭遇泄密的事件。
为了调查和阻止泄密的事件再次发生，上级要求在60天之内必须破获案件。叶晗和洪少秋在此压力下成立了专案组，从此开始了与敌人正面的博弈。但是专案组刚刚成立之后就发现他们中间有内鬼，并且这个内鬼还出现在洪少秋从小长大的地方301研究所。最终洪少秋经过了理智与情感的种种挣扎将内鬼揪了出来。