在第二部中，包拯(陆毅 饰)(陆毅
饰)已经摆脱了年轻时的生涩和冲动，成为了一位稳重负责的县官，恪尽职守为民请命。某天，他接到了皇帝的紧急召回命令，要求他查办一系列与收受贿赂和贪污官员相关的连续死亡案件。年轻的包青天再度行动起来，途中遇到了日后将成为他身边护卫人物的王朝(刘晓虎 饰)马汉(姚健 饰)、张龙(姚立群 饰)赵虎(李飞 饰)。这次的挑战将测试他的智慧和决心。
公孙策(任泉 饰)(任泉 饰)已经完全认可了包拯的聪明才智，自愿协助他办案。在这次的调查中，他们遇到了一个神秘的姑娘，名叫惯偷小蜻蜓(范冰冰 饰)(范冰冰
饰)。这位活泼捣蛋的姑娘一直身份不明，直到他们卷入大画家冯止水(夏志卿 饰)的案件，大家才逐渐了解了小蜻蜓的悲惨背景。小蜻蜓被一个义父收养，自小视她如己出，并为她亲自创作了《牡丹亭上的少女》，这幅画中隐藏着一个秘密。然而，义父后来在江湖上神秘失踪，多年来小蜻蜓竭尽所能都找不到他的下落，她现在只能寄望于包拯能够揭示事情的真相。这次的案件将牵扯出一个扑朔迷离的谜团，挑战着包拯的智慧和坚韧不拔的决心，同时也将使包公身边的护卫人物逐渐浮出水面。