《玛戈皇后》改编自改编自法国文豪大仲马 (Alexandre Dumas) 的同名小说，为了将这部小说搬上大银幕，导演巴提斯薛侯 (Patrice Chéreau) 花了五年筹备，期间写了九个版本的剧本，在法国和葡萄牙各地花了九个月拍摄，开场玛格丽特与纳瓦尔国王亨利的婚礼重头戏，动用多达 1500 名临时演员。本片在预算方面也相当惊人，塬订 1.2 亿法国法郎(约 1800 万欧元、5.6 亿台币)，后来增加至 2 亿法国法郎(约 3000 万欧元、9.3 亿台币)。不论从哪个角度看，《玛戈皇后》都是法国影史少见的超大型製作。
《玛戈皇后》拍摄期间，伊莎贝艾珍妮和英国资深男星丹尼尔戴路易斯 (Daniel Day-Lewis) 是一对情侣。巴提斯薛侯是丹尼尔戴路易斯的粉丝，甚至考虑过让他演出玛格丽特的情人「拉莫尔」，但是伊莎贝艾珍妮透露，当时丹尼尔戴路易斯从未打算接受这个提议。《玛戈皇后》在邻近里斯本的城市马夫拉 (Mafra) 取景时，丹尼尔戴路易斯甚至从巴黎一路骑机车到里斯本来探班，剧组成员看到这位超级巨星都很兴奋。
