该片讲述一个名为MIB的秘密组织，负责管理美国境内的外星难民，保持地球「中立」。MIB的探员并没有任何确实的身份存在，其组织亦不受政府的干扰。组织的资金收入来自他们从外星人手中没收获得的技术所产生的专利，例如是微波炉、魔术贴跟吸脂术。新来的探员会有一个新的身份，且原有的身份资料都会被消除。而离职时有关MIB活动的记忆都会被消除。一名原职纽约警局的警员(威尔·史密斯饰)加入MIB，成为MIB探员「J」(杰)，而MIB老探员「K」(凯)(汤米·李·琼斯饰)则从旁指导「J」执行任务。
MIB的探员戴着能防止被洗脑的墨镜，穿着黑色套装，并常于UFO出现的地点现身，跟现实世界中的黑衣人大同小异。因为MIB是个秘密组织，所以并没有可以证明他们存在的证据留下。比起恐吓及威胁，MIB会把目睹过超常现象的人消除记忆，再以一些较「现实」的「记忆」取代，例如是告诉被洗脑的人看到的是生化气体，而并非外星人。除此之外，以防秘密组织外泄，洗脑器亦适用于探员以任何理由离开组织时的洗脑程序。片中，「J」跟「K」驾驶着一架不显眼的黑色私家车;「J」在最初形容这架福特LTD维多利亚皇冠是「Ford 'POS' (piece of shit)」(有称其为「垃圾」之意);而当按下在排档杆上面的红色掣后(类似摇杆)，轿车便会化身成为一架可以飞行的「火箭车」。
故事
整个故事也是围绕一头巨型太空蟑螂来到地球，并寻找一个细小而有着很大力量的「迷你银河系」。在他登陆地球以后，便干掉了一个名叫「埃德加」的农夫，以借助他的躯体令他更容易完成其任务。而其中一个外星人皇室成员，假冒顶替成一个钻石商人，并把「迷你银河系」收藏在他的猫儿的项圈上。当其皇室成员被太空蟑螂杀害后，他的政府宁可毁灭地球也不愿意使得「迷你银河系」落进蟑螂的手上。在他们执行任务期间，「J」和「K」到了太平间找劳雷尔·韦弗提供协助。最后，他俩最后联手消灭了太空蟑螂，并从他手中抢回迷你银河系。后来探员「K」也退出了MIB，并要求「J」为他消除记忆，而他的职务也全交给「J」。劳雷尔亦加入了MIB探员的行列，成为「L」。